環保清淤包含兩個方面的含義，一方面指以水質改善為目標的清淤工程，另一方面則是在清淤過程中能夠盡可能避免對水體環境產生影響。環保清淤的特點有:

①清淤設備應具有較高的定位精度和挖掘精度，防止漏挖和超挖，不傷及原生土;

②在清淤過程中，防止擾動和擴散，不造成水體的二次污染，降低水體的混濁度，控制施工機械的噪音，不干擾居民正常生活;

③淤泥棄場要遠離居民區，防止途中運輸產生的二次污染。

中小河道、農村河道的清淤工程既有傳統清淤的“疏通”目的，也就是解決排澇、防洪、灌溉功能保障的目的，也有改善河道水質，促進生態系統健康，提升河道景觀的深層目的。因此，從清淤的前期工作、方案制定、工藝選擇、工程實施的所有環節中，必須保證這種“多目的”清淤的特征。

中小河道、農村河道的清淤工程與港口航道和大江大河清淤工程有所不同，具有工程量小、大型船只通行困難、清淤對象含有各種垃圾、性質復雜的特點。從這種特點出發較為簡易的清淤技術往往易于采用。無論采用何種技術，河道治理的主要目標——水質改善應該是清淤方法、工藝選擇中必須考慮的問題。因地制宜，考慮河道的各種條件，在有條件的情況下選擇排干清淤不失為一種現實的選擇。在不能夠排干的情況下，通過改進的小型泵吸式、絞吸式清淤船可以成為一種選擇，也是小河道清淤技術發展的方向。

農村地區有別于沿海城市，具備低洼地帶和周轉土地的優勢，因此在淤泥處理方面也應該突出因地制宜的思想。淤泥在低洼地帶堆放后還原為土地利用，無重金屬污染淤泥的還田，以及簡單處理后作為河堤加固、道路鋪設的填土進行使用，是最為適合農村地區的方法。